Sejarah pembentukan Kantor Kementerian Agama di Palu tidak dapat dilepaskan dari perkembangan struktur Jawatan Urusan Agama (JUA) pasca-kemerdekaan. Instansi ini mulai terbentuk seiring dengan penguatan peran pemerintah di bidang keagamaan, yang puncaknya ditandai dengan pembentukan Kementerian Agama Republik Indonesia pada 3 Januari 1946.

Mengingat Palu dan Sulawesi Tengah pada awalnya merupakan bagian dari wilayah administratif Sulawesi Utara (Sulutteng), cikal bakal Kantor Kemenag Kota Palu berakar dari:

1. Periode Awal (c. 1960-an): Pada masa ini, urusan keagamaan di wilayah Palu dikelola oleh Perwakilan Jawatan Urusan Agama Sulawesi Utara di Palu. Hal ini menandai dimulainya pelayanan keagamaan secara terorganisir di daerah ini.
2. Periode Propinsi Sulawesi Tengah (c. 1965-an): Seiring berdirinya Provinsi Sulawesi Tengah (Suluteng), Jawatan Urusan Agama ditingkatkan menjadi Jawatan Urusan Agama Sulawesi Tengah. Palu, sebagai ibu kota provinsi, menjadi pusat administrasi kantor wilayah ini.
3. Periode Departemen Agama (c. 1975-an): Organisasi ini kemudian bertransformasi menjadi Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Sulawesi Tengah.