Pembentukan Kantor Departemen Agama Kabupaten Parigi Moutong secara resmi merupakan hasil pemekaran dari Kantor Departemen Agama Kabupaten Donggala. Pemisahan kelembagaan ini didasarkan pada keputusan Menteri Agama Nomor 492 Tahun 2003. Berdasarkan keputusan tersebut, Kantor Departemen Agama Kabupaten Parigi Moutong mulai beroperasi setelah pelantikan Kepala Kantor pertama, Drs. H. M. Nur, pada tanggal 30 Desember 2003.

Pada tahap awal, penyelenggaraan administrasi kantor dilakukan di Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan Parigi selama kurang lebih 2 bulan. Setelah itu, kegiatan perkantoran dipindahkan ke sebuha rumah penduduk yang dikontrak dan beralamat di Jalan Pendidikan Nomor 63 Desa Kampal, Parigi. Tempat ini digunakan sampai dengan tanggal 11 April 2005. Pada tanggal ini juga, Kantor Departemen Agama Kabupaten Parigi Moutong resmi menempati gedung barunya yang beralamat di Jalan S. Pakabata Nomor 2, Desa Bambalemo. Peresmian gedung baru dilakukan oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Sulawesi Tengah, Drs. H. Abdul Aziz M. Godal, dan turut dihadiri serta disaksikan oleh Bupati Parigi Moutong, Drs. Longki Djanggola, M.Si.

Berikut Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Parigi Moutong dari masa ke masa.